Die Symptome der CED sind häufig unspezifisch und gehen mit Bauchbeschwerden und breiigen, teils blutigen Durchfällen einher, sodass die Krankheit oft zunächst unerkannt bleibt. Oft tritt eine mehrmonatige Verzögerung zwischen Symptombeginn und der Diagnose auf. Der Morbus Crohn kann auch mit Fistelbildungen einhergehen, bei der sich kleine, schmerzhafte Gänge oder Kanäle häufig im Bereich des Anus (After) bilden. Diese Fistelverbindungen entstehen, wenn Entzündungen in den tiefen Hautschichten oder im Darm zu einem "Loch" oder "Tunnel" führen, der den Darm mit der Haut oder anderen Körperbereichen verbindet. Diese Fisteln können schmerzhaft sein, eitrige Absonderungen verursachen und stellen mitunter die ersten Beschwerden der Erkrankung dar.

Obwohl die CED vor allem entzündliche Veränderungen des Magen-Darm-Traktes charakterisiert sind, handelt es sich um sogenannte «Systemerkrankungen». Damit ist gemeint, dass bei ca. 1/3 der Betroffenen die entzündlichen Veränderungen nicht nur den Darm (sog. «intestinale Manifestation») betreffen, sondern auch andere Körperteile, wie Haut, Gelenke, Augen oder die Leber, betreffen können (sog. «extra-intestinale» Manifestationen). Die häufigsten extraintestinalen Manifestationen bei CED sind: 

• Gelenkbeschwerden (sog. «Arthritis/Arthralgie»): Gelenkprobleme, die sich als schmerzhafte Entzündungen in verschiedenen Gelenken äussern können: Meist entweder in den grossen Gelenken wie Knie oder Hüfte aber auch in den kleinen Gelenken wie den Fingergelenken. Diese Beschwerden können vorübergehend sein oder chronisch verlaufen.
• Aphthen in der Mundhöhle
• Hautbeschwerden: Sollte die Haut mitbefallen sein, äussern sich die CED meist in einer der zwei Formen: 
  • Erythema nodosum: Eine entzündliche Hauterkrankung, bei der schmerzhafte, rote Knoten, meist an den Schienbeinen, auftreten. 
  • Pyoderma gangraenosum: Eine seltenere, aber schwerwiegende Hauterkrankung, bei der sich schmerzhafte, ulzerierende Wunden bilden, meistens an den Beinen.
• Augenentzündungen: Entzündungen im Bereich der Augen sind ebenfalls häufig und können zu Symptomen wie Rötung, Schmerzen, Lichtempfindlichkeit oder verschwommenem Sehen führen (am häufigsten sog. Iritis/Uveitis oder Konjunktivitis)
• Lebererkrankungen: Primär sklerosierende Cholangitis (PSC): Eine Lebererkrankung, die häufig mit CED, insbesondere mit Colitis ulcerosa, verbunden ist und zu einer Verengung der Gallengänge führt. 
• Knochenerkrankungen: Patienten mit CED haben ein höheres Risiko für Osteoporose (Knochenschwund) und Osteopenie, was zu einer erhöhten Frakturgefahr führen kann. Dies hängt oft mit Entzündungen, ungenügender Aufnahme von Nährstoffen und der langfristigen Einnahme von Cortison zusammen.